Die Sultane von Brunei und Sulu hatten nur oberflächliche Interessen in Sabah und hatten ihre Stützpunkte alle entlang der Küste. Im Landesinnern waren Kopfjäger am Werk, und die See wurde im Allgemeinen von Piraten unsicher gemacht. Die Kopfjäger waren vornehmlich Kadazandusun und Murut, wobei die Kadazandusun das Kopfjagen zuerst aufgaben. Die Illanun, Iranum, Balanini, Obian, Bajau und Suluk aus dem Süden der Philippinen gaben sich der Piraterei hin und ließen sich auf den Inseln um Sabah nieder. Ihre Schiffe waren sehr oft ansehlich, meistens Ruderboote bist zu 90 Meter lang und stark bewaffnet. In Sabah waren ihre Hauptstützpunkte in der Marudu Bay und um die Tunku Inseln gegenüber dem heutigen Kota Kinabalu.  

Erst der englische Abenteurer und Raja von Sarawak, James Brooke, mit seinen guten Kontakten zum Sultan von Brunei, vermochte es, die Piraterei etwas unter Kontrolle zu kriegen. Im Jahre 1846 überließ der Sultan von Brunei dem Raja Brooke die Insel Labuan, von wo die Engländer anfingen die Piraterei zu unterdrücken. Der letzte Stützpunkt der Piraten, Tunku, fiel in 1879.  

Die North Borneo Chartered Company

In 1865 pachtete Claude Lee Moses, ein amerikanischer Händler und Konsul der Vereinigten Staaten in Brunei Land in Sabah. In 1881 üvernahm Alfred Dent, Direktor einer wichtigen Firma in Hong Kong, die Pacht und vermochte sie in Landrechte umzuschrieben. Dents Partner waren Baron von Ovenbeck, der österreichische Generalkonsul von Hong Kong; Sir Rutherford Acock, welcher Vorsitzender der neuen, jedoch noch provisorischen Gesellschaft wurde und mit der britischen Regierung Kontakt aufnahm; und Mr Richard Martin, ein Mitglied der bekannten Bank des selben Namens. Der Sultan von Brunei gab Sir Alfred Dent die Titel eines Oberherrschers - Maharaja von Sabah und Rajah von Gaya und Sandakan. Der Sultan von Sulu überließ ihm dazu die Titel des Datu Bandahara und Rajah von Sandakan, was ihm allezusammen abolute Herrschaft über Land, und über Leben und Tod der Einwohner von Sabah gab.

In England gewährte Königin Victoria auf den Rat ihres Premierminister Mr Gladstone eine Charter, welche die North Borneo Chartered Company offiziell machte. Die neue Gesellschaft übernahm die Herrschaftsrechte von Sir Alfred.

Die Verwalter der Britisch North Borneo Chartered Company wurden von der Krone Englands bestimmt, und viele Beamte und Verwalter der britischen Kolonien waren in Sabah, bevor sie wichtigere Posten in anderen Ländern inehatten. Unter den bekannteren Kolonialguvernören befanden sich hervorragende Persönlichkeiten wie zum Beispiel Sir Hugh Clifford; Sir Ernest Birch; und Lord Milverton in deren jüngeren Jahren.

In ihren Grundbestimmungen war die Chartered Company sehr britisch. Sie konnte keine Ländereinen ohne das Einverständinis der Krone abtreten; es durfte gehandelt werden, aber kein Monopol gegründet werden etc. Die Verwaltung der Firma unternahm es, Sklaverei abzuschaffen, und Recht und Ordnung in die bestehenden Gesetze der Eingeborenen zu bringen ohne jedoch die Religion der Einheimischen anzutasten.

William C Cowie war einer der besser bekannten Persönlichkeiten der Chartered Company. Willliam war ein junger Schotte der als Schiffsingenieur nach Borneo kam. Er wollte wie Raja Brooke in Sarawak Land in Sabah erwerben. Er kam mit einigen Freunden auf einem Dampfer nach Borneo und befreundete sich mit den Sultanen von Brunei und Sandakan. Dies ermöglichte ihm Handelsstützpunkte auf Labuan und in Sandakan aufzubauen, von welchen er die Sultane, speziell den Sultan von Sulu, mit Waffen und Munition für ihren Krieg gegen die Spanier im Süden der Philippinen belieferte. Sandakan an der Ostküste von Sabah war damals die Hauptstadt der Chartered Company und ein vielbesuchter Handelsort. Es kamen viele Schiffe mit deutschen Händlern vorbei und Sandakan war sogar eine Zeit lang als "Kampung Jerman" bekannt - das "Deutsche Dorf"! Viele Jahre später, wie die Chartered Company schon gut establiert war schloß sich Cowie ihr an und wurde deren Vorsitzender. Sein Einfallsreichtum und seine persönliche Freundschaft mit den Sultanan war von großem Nutzen und brachte die Chartered Copmany auf vielen Gebieten schnell voran.

Wie dem auch sei, eines steht fest: Mat Salleh hatte mut und er war ein gnadenloser Rebelle der sich gegen die englische Machtherrschaft in Sabah erhob. Die Briten erwarben immer mehr Land und besteuerten die Einheimischen - unter anderem mit einer Tapaisteuer für die lokal gebrauten Reisweine. Immer wieder galang es Mat Salleh junge Dusun unter sich zu sammeln und sie für seinen Kampf zu begeistern, obschon sie ja von ganz anderen Stämmen kamen, und auch nicht die selbe Religion hatten. Mat Salleh versprach den Einheimischen sie von den Engländern zu befreien, aber im Ende verlor er doch und viele Einheimische fanden den Tod im Kampfe gegen die viel besser ausgerüsteten Kolonialherren.  

Eines der gewagtesten Unternehmens von Mat Salleh, und woran sich die Leute noch sehr lange erinnerten, war die Attacke und Zerstörung des englischen Handelsstützplatzes auf der Insel Gaya in 1898 (heute gehört die Insel zum Tunku Abdul Rahman Marine Nationalpark, gegenüber von Kota Kinabalu). Mat Salleh und seine Bande plünderten den Stützpunkt und brannten ihn schließlich nieder. Man sagt, daß man die Flammen auf dem Hauptland von Sembulan und Tanjung Aru bis nach Putatan sehen konnte und alle schrien “api, api (Feuer, Feuer).” Der Eindruck, den diese Attacke hinterließ war so gewaltig, daß sogar der neue Handelsstützpunkt der Engländer, den sie auf dem Hauptland gegenüber Gaya aufbauten, noch lange als Api-Api bekannt war. Die neue Stadt wurde dort gebaut, wo sich heute Kota Kinabalu erhebt. Nach der Grundsteinlegung in 1899 wurde beschlossen, die Stadt zu Ehren von Sir Charles Jessel zu benennen, einer der ersten Direktoren der British Chartered Company: Jesselton. Dies war allerdings für die Einheimischen und auch für die chinesichen Händler sehr schwierig auszusprechen und Api-Api blieb lange der unoffizielle Name von Jesselton. Sogar noch heute lesen sich die chinesischen Charakter für Kota Kinabalu "Yapi-Api" (亞庇).

Mat Salleh versteckte sich in Kampung Mengkabong, nicht weit von Tuaran, oder etwa 25 Kilometer von der heutigen Hauptstadt von Sabah, Kota Kinabalu. Mat Salleh fand sein Ende schließlich in Tambunan, wo er von den Engländern in seinem Fort belagert wurde bis er aufgeben mußte. Nach seinem Tode, der von einem Engländer bezeugt wurde, wurde das Fort dem Boden gleichgemacht und heute erinnert nur noch eine kleine Erhebung in den Reisfeldern wo es einst stand. Natürlich rankten sich sofort Legenden um das Leben und den Tod von Mat Salleh, und enige sagen sogar er sei gar nicht umgekommen sondern er hätte fliehen können. Damals war Mat Salleh allerdings nicht unbedingt ein Held für die Einheimischen, denn viele mußten wegen ihm in den Tod gehen. In der offiziellen Geschichtschreibung von Malaysien wurde aus ihm dennoch "Sabahs erster Freiheitskämpfer."

Sabah unter englischer Kolonialherrschaft

British North Borneo (Sabahs alter Name) wurde von der Chartered Company bis zur japanischen Besetzung im zweiten Weltkrieg verwaltet. Im Jahre 1945, kurz nach dem Krieg wurde Sabah offiziell eine britische Kronkolonie, denn die Chartered Company konnte es sich nicht leisten, das vom Kriege verwüstete Land wiederaufzubauen. Da die ehemalige Hauptstadt von Sabah, Sandakan, von alliierten Streitkräften zerbombt wurde, und dann auch noch von den Japanern verwüstet wurde, beschloß die neue Verwaltung damals Jesselton zur Hauptstadt auszubauen. Die Kolonialverwaltung war nicht sehr von der Vorkriegsverwaltung verschieden und es kehrte sehr schnell Ruhe und Ordnung zurück. Wiederaufbau und Fortschritt waren die Hauptanliegen der neuen Administration.

Unabhängigkeit

Die Bewohner von Sabah haben ihre Gesellschaft traditionellerweise in Stämme eingeteilt, wobei Familien der Kern sind. Unter den Engländern wurde die Kopfjagd verboten, und die einheimischen Gesetze, oder adat, wurden den neuen Zeiten angepaßt aber ansonsten war es eigentlich ein recht gemütliches Leben. Erst gegen 1960 kam ein gewisses politisches Bewußtsein auf, und wie in anderen Ländern sahen sich die Einheimischen nun plötzlich als eine Einheit, mehr im geografischen, aber auch etwas im sozialpolitischen Sinne. Der Bruch mit England wurde durch den Premierminister von Malaya, Tunku Abdul Rahman in 1961 angekündigt, mit seiner Idee einen neuen Staat zu gründen der Malaya, Singapore, Brunei, Sarawak und Sabah umschließen sollte. Die Engländer waren nicht abgeneigt, und Malaysien wurde öffentlich am 16. September 1963 ins Leben gerufen. Am 31. August 1963 wurde Sabah ganz offiziell von England unabhängig erklärt, und Sabah war ein Staat - mit Kabinett und eigener Fahne - für genau 16 Tage.

Als freier Staat innerhalb der Federation von Malaysien gab es natürlich viele Veränderungen auf allen Ebenen, administratif, politisch und sozial. Das Land erlebte einen relatif abrupten Entwicklungsschub und es ging nicht immer ganz Reibungslos zu, sowohl innenpolitisch als auch außenpolitisch. Indonesien und die Philippinen anerkannten zuerst Malaysiens Hoheitsgebiete nicht und im Innern von Borneo fochten neue Malaysier und Alliierte die Konfrontasi. Sabahs Innenpolitik ist nach wie vor eher interessant, aber die Bewohner hier lassen sich dadurch nicht zu sehr aus dem Gleichgewicht bringen. Die vielen verschiedenen ethnischen Gruppen, mit unterschiedlichsten Religionen, leben nach wie vor in Harmonie zusammen.